הסיבוכים והסיכונים דומים לאלה שבכל ניתוח עור רגיל וככלל נדירים למדי בניתוח בשיטת מוז.
הסיבוכים והסיכונים העיקריים הם:
דימום – דימום עז עלול להופיע במהלך הניתוח עקב פגיעה מכוונת או מקרית בכלי דם גדול. במהלך הניתוח מושגת שליטה על הדימום על ידי לחץ מקומי, צריבה של כלי הדם באמצעות מכשיר חשמלי (דיאטרמיה) או תפירה של כלי הדם הפגוע. לאחר הניתוח עלול להופיע דימום תחת התחבושת, בתוך פצע הניתוח. הסיכון לדימום הוא בעיקר ב- 12 השעות הראשונות שלאחר הניתוח. הטיפול הוא בעיקר לחץ מקומי ממושך. לעיתים, אם הדימום מתמיד חוזרים ופותחים את פצע הניתוח כדי לאתר ולטפל בכלי הדם המדמם.
פגיעה בעצב ובעקבות זאת הפרעה תחושתית במקום הניתוח או סמוך לו ו/או הפרעה תפקודית - מידת הפגיעה תלויה במקום הגידול ובמידת חדירתו לרקמה. גבולות הניתוח עלולים לכלול עצבים. הפגיעה בעצב יכולה להיות מודעת ומתוכננת – כאשר במקרים אלה המנתח יסביר לחולה כי הסרת הגידול מחייבת פגיעה בעצב, או מקרית, כאשר עצב או סעיף עצב עוברים במיטת הגידול ונפגעים תוך כדי הניתוח. במקרים כאלה, לרוב, יש שיפור ושיקום של תפקוד העצב במהלך של מספר חודשים לאחר הניתוח. לעיתים הנזק הוא בלתי הפיך.
כאב – רוב הכאבים במהלך הניתוח הם כתוצאה מפעולת ההרדמה המקומית או הרדמה מקומית בלתי מספקת. לרוב, תוספת של הרדמה מקומית פותרת את הבעיה. בדרך כלל אין כאבים משמעותיים לאחר סיום הניתוח ובמקרה שבכל זאת מופיע כאב, לרוב הוא נשלט באמצעות טיפול אנלגטי פשוט כמו אופטלגין או אקמול וחולף תוך יום יומיים.
זיהום – ניתוחי המוז מתבצעים בתנאים של סטריליות מרבית של שדה הניתוח. יחד עם זאת, העובדה שמדובר בתהליך ממושך שבו המטופל מצוי תקופות לא קצרות בין שלבי הניתוח עם פצע פתוח (גם אם חבוש) והעובדה שבמהלך הניתוח לעיתים נחשפים שטחי רקמה לא קטנים ורקמות פחות ווסקולאריות כגון סחוס, מעלות את הסיכון לזיהומים מקומיים לאחר הניתוח. למרות זאת, שיעור הזיהומים נמוך מאוד ועומד על 1-2%. במקרים מיוחדים ובמקרים בהם נראה למנתח כי הסיכון לזיהום מוגבר נהוג לתת למטופל טיפול אנטיביוטי מניעתי דרך הפה לאחר הניתוח. לכל המטופלים, לאחר 3 ימים, מומלץ על מריחה של משחה אנטיביוטית שומנית, פעמיים ביום, על פצע הניתוח – עד להוצאת התפרים לאחר שבוע.
צלקת ועיוות – כמו כל ניתוחי העור, גם ניתוחי מוז (מסתיימים עם צלקת. יחד עם זאת, בכל המקרים נעשה מאמץ מרבי להשיג סגירה אסתטית ותפקודית ככל האפשר של פצע הניתוח, מבלי לגרום לעיוותים ותוך ניסיון להעלים את צלקת הניתוח בתוך תווי הפנים הרגילים. יש לזכור שגודל הגידול עצמו, מיקומו וגודל פצע הניתוח הסופי משפיעים על היכולת להשיג תוצאה אסתטית ואיכותית.
חזרה של הגידול – למרות שניתוחי מוז תוכננו במיוחד כדי להשיג הצלחה מרבית בסילוק הגידול, עלולים להיות, ויש מקרים בהם לא ניתן להשיג סילוק מלא של הגידול במודע עקב טופוגרפיה מקומית ו/או קרבה למבנים חיוניים שלא ניתן לפגוע בהם. לעיתים, למרות שהניתוח בוצע במלואו יש חזרה מקומית גם בניתוחי מוז. מקרים אלה נדירים יחסית בהשוואה לניתוחים רגילים. במקרים בהם קיים חשש כי נותרה שארית גידול בפצע או שבהם יש סיכון מוגבר לחזרה מקומית המנתח ימליץ על טיפול נוסף, משלים, לאחר הניתוח, בצורת הקרנה ו/או משחה מיוחדת.