מחלקת הנדסה רפואית אחראית על מחזור החיים של המכשור הרפואי. החל בייעוץ טכנולוגי לצוות ולהנהלה טרם רכישת המכשור הרפואי, במהלך תהליך הרכש, התקנתו, ביצוע טיפולים תקופתיים, תיקון תקלות וכלה בהוצאתו משירות. המחלקה פועלת באופן תמידי להטמעת טכנולוגיות חדשות לקידום ושיפור איכות הטיפול.
הצוות מונה מעל עשרה עובדים המגיעים ממגוון רקעים טכנולוגיים המטפלים בכל המכשירים הפרוסים באתרים השונים של המרכז הרפואי, בשערי צדק ביקור חולים יד שרה והארנה.
בשימוש המחלקה תוכנת תחזוקנית אשר מאגדת בתוכה את מסד הנתונים של המכשירים, קריאות שירות וטיפולים תקופתיים.
מידי שנה מטופלות אלפי קריאות שירות ותיקון. רוב המכשור מטופל ומתוקן ע"י טכנאי המחלקה, שאר המכשור מטופל בחוזי שירות ע"י החברות המוסמכות. במחלקה קיים מחסן חלקי חילוף ואביזרים הכולל אלפי פריטים המאפשרים תיקון מהיר ושמירה על רצף תפעולי של כלל המכשירים. אנשי הצוות עוברים הכשרות בארץ ובחו"ל בכדי לעמוד בהסמכות הנדרשות, ועובדים כצוות מגובש ע"מ לשרת את הצוותים הרפואיים והמטופלים.